SeMonitor — wwwsemonitor.ru
Это программа для раскрутки сайта. Она состоит из набора утилит, охватывающих различные стороны процесса оптимизации. Предлагаемые решения просты в использовании и успешно применяются как профессионалами, так и начинающими оптимизаторами.

AllSubmitter — wwwwebloganalyzer.biz/rus/allsubmitter.html
Максимально качественная, быстрая и контролируемая регистрация в любых информационных ресурсах Интернета (поисковые системы, каталоги, рейтинги, доски объявлений, shareware сайты, новостные ресурсы, обмен ссылками).

Page Promoter — wwwnetpromoter.ru
Программа сочетает в себе все необходимые инструменты для качественного и эффективного продвижения сайта. Она содержит пять групп модулей — это модули для подготовки сайта к продвижению, непосредственно для продвижения сайта, для анализа, исследования и планирования заданий по работе над интернет-ресурсом.

Smile Seo Tools — wwwsmile-group.ru/products/seotools
Программа для автоматической и полуавтоматической регистрации сайта в каталогах и рейтингах. Блок регистрации избавляет от рутины заполнения форм. Блок аналитики даёт ясную и адекватную картину реальности.

CS Yazzle — wwwyazzle.ru
Программа для раскрутки сайтов CS Yazzle предназначена для облегчения труда SEO-специалистов по анализу (учёту) ссылочной массы для отдельно взятого продвигаемого проекта или запроса, первичному анализу текстовой составляющей страниц, а также анализу конкурентности того или иного запроса.

Site-Auditor — wwwsite-auditor.ru
При помощи утилиты Site-Auditor вы сможете быстро собрать данные, необходимые для оценки видимости сайта. Одним кликом вы получите все необходимые данные из основных поисковых сервисов, используемых в российском сегменте Интернета, а именно: Яндекс, Рамблер, Апорт, а также в наиболее популярных международных сервисах Google и Yahoo.

FreePromote — wwwfreepromote.ru
Бесплатная программа для раскрутки сайтов и программ, путем качественной полуавтоматической регистрации в поисковиках, каталогах, досках объявлений, каталогах программного обеспечения.

AddSite — wwwaddsite.ru
Программный модуль комплекса AddPromo для продвижения ваших сайтов, предназначенный для автоматической регистрации сайта в более 1000 белых каталогов рунета, а также поисковиках и рейтингах.
Частота запросов по поисковым системам, подбор поисковых фраз

adstat.rambler.ru/wrds/ — Рамблер
wordstat.yandex.ru — Ядекс
adwords.google.com — Google
stat.go.mail.ru — Mail.Ru
Поиск плагиата и проверка текста на уникальность

wwwcopyscape.com
wwwantiplagiat.ru
Архив старых версий сайтов

wwwarchive.org — сохраняет историю изменения главных и некоторых других страниц различных сайтов

А кроме программ существуют другие инструменты, помогающие владельцам сайтов получать аналитические данные, отчёты по оптимизации. В их числе вы найдёте также и практические инструменты. Читаем дальше:
Базы данных для продвижения, пиара, анализа
База данных из более чем девяти миллионов ключевых фраз на русском языке с указанием цены клика в системах контекстной рекламы.
База белых каталогов для размещения ссылок. Применяется в программах для автоматического, полуавтоматического и ручного размещения ссылок в каталоги.
База данных всех зарегистрированных доменов в зонах RU и SU. Используется для аналитики, создания крупных каталогов и сервисов.
База данных для рассылки на публикацию аналитических, рекламных статей, новостей и пресс-релизов.

Каждая в отдельности база высылается персонально и только по запросу на мой e-mail: 9674605@mail.ru Поскольку подобные базы данных имеют определённую ценность и продаются в Интернете по цене до 300 долларов (лично видел), я не выкладываю их в открытом доступе. Чтобы получить любую из этих баз бесплатно, в письме следует указать обоснование её получения. И кстати, платно эти БД я не распространяю.

Автоматическая проверка и обработка баз данных каталогов: web-gid.ru/tools/basefix.phtml
Онлайновые сервисы — экономично и удобно

site-help.ru/tools.php — большое количество полезных инструментов. Например:

    Проверка тИЦ, ЯК, PR, WTR, WR
    Проверка Page Rank по дата-центрам Google
    Индексы в поисковой системе Webalta
    Как выглядит сайт глазами поискового робота
    Последние запросы в поисковой системе Яндекс (english)
    Последние запросы в поисковой системе Яндекс (русский)
    Обратные ссылки Яndex, Google, Yahoo, MSN, Altavista, AllTheWeb, Alexa
    Определение позиции сайта в поисковых системах
    Популярность ресурса в поисковых системах
    Как быстро загружается ваш сайт
    Определение цены одной ссылки с сайта, по параметрам: тИЦ, PR, внешние ссылки, тематика сайта
    Тематический индекс цитирования сайта в Яндексе
    Получение информации по доменам COM, NET, ORG, RU и другим
    «Пинг» ресурса
    Извлечение тегов META
    Создание META тегов для вашего сайта
    Кодирование текста HTML-страницы
    MD5 — инструмент позволяет быстро зашифровать/кодировать любой введенный текст в MD5

Аналогично полезные:

wwwmiralab.ru/tools/service/ — ссылки на полезные сервисы
bufo.in/tools.html — ссылки на полезные сервисы и сами сервисы тоже
site-help.ru/help.php — библиотека SEO (подборка из Википедии)
Бары, анализаторы результатов поиска

wwwbe1.ru/services/stat/#6 — be1.ru
Это сервис анализа продвижения сайта, но на странице результатов поиска без перезагрузки страницы. Сервис работает на странице результатов поиска Яндекса и Рамблера в браузере Internet Explorer. Показывает тИЦ сайта, Page Rank главной страницы и если требуется внутренней. В дополнении даны ссылки на сервис анализа, ссылки на сайт, включая ссылки с выбранным текстом запроса.

wwwtoolbar.ru — инструмент оптимизатора
Весьма продвинутый онлайновый анализатор сайта. Показывает позиции сайта, его видимость и другие сведение из различных поисковых систем.

bar.yandex.ru — Яндекс.Бар
Расширение для браузера Internet Explorer, которое встраивается в ваш браузер в виде дополнительной панели инструментов.